Первичная сборка и филогенетический анализ пластомов Vitis sylvestris Gmel. Майкопской популяции: DOI 10.34919/IM.2023.25.3.002

Аннотация

Получение знаний о строении генома винограда является актуальным вопросом современной ампелографии,
так как позволяет изучить внутривидовое генетическое разнообразие и эволюцию видов Vitis. Целью исследования является изучение особенностей строения хлоропластных геномов 6 образцов Майкопской популяции дикого лесного винограда Vitis sylvestris Gmel., собранных в результате экспедиционных обследований окрестностей г. Майкопа Республики Адыгея. Для этого были выделены хлоропласты из отобранных образцов листьев на базе Академии биологии и биотехнологии им. Д.И. Ивановского Южного федерального университета. Из образцов хлоропластов выделили тотальную ДНК. Были подготовлены библиотеки ДНК при помощи DNA Preparation (M) Tagmentation Kit. Секвенирование осуществляли на базе
Кубанского государственного аграрного университета им. И.Т. Трубилина на приборе Illumina MiSeq. Сборку геномов проводили при помощи UGENE, аннотацию – при помощи веб-сервиса Chlorobox. Идентифицировали таксономическую принадлежность хлоропластных геномов при помощи NCBI BLAST. В результате работы, изученные образцы были отнесены к дикорастущему виду Vitis vinifera subsp. sylvestris. Были построены карты строения хлоропластного генома изученных образцов. Самое большое совпадение (100 % по покрытию и идентичности) с референсным геномом Vitis vinifera subsp. sylvestris INRA:8500Mtp140 (номер GenBank LC501387.1) наблюдалось у образца М6, а наименьшее – у образца М5 (99 % и 99,95 %). Это дает возможность отнести изученные образцы к виду Vitis vinifera subsp. sylvestris.