Ключевые слова
биоинформатические методы;
бессемянность;
ген VvAGL11;
экзон 7;
миссенс-мутация
Аннотация
На основании результатов секвенирования NGS генома древнего сорта Кишмиш черный с помощью биоинформатических методов была получена последовательность локуса гена VvAGL11 (chr18) – гена-кандидата на бессемянность у винограда. В данной работе исследован полиморфизм экзона 7 гена VvAGL11, где ранее был описан SNP 26 889 437, как предполагается, приводящий к бессемянности в результате миссенс-мутации – замены аминокислоты аргинин на лейцин. В последовательности исследуемого бессемянного сорта по сравнению с референсной последовательностью семенного сорта Пино черный в рассматриваемом локусе размером 200 п.н., включающем в себя экзон 7 и частично интроны 6 и 7 гена VvAGL11, найдено восемь SNP без вставок и делеций, пять SNP непосредственно в экзоне 7. Семь из восьми обнаруженных SNP описаны ранее для бессемянного сорта Султанина и происходящих от него сортов. Было подтверждено наличие целевого SNP 26 889 437 (А/C), вызывающего миссенс-мутацию. Семенной сорт Пино черный в этой позиции имеет гомозиготу (С/С). В обнаруженных SNP экзона 7 бессемянные сорта Кишмиш черный и Султанина гетерозиготны, в отличие от cеменного сорта Пино черный, который гомозиготен. Последовательность сорта Кишмиш черный в рассматриваемом локусе гена VvAGL11 идентична последовательности сорта Султанина, кроме позиции 26 889 350 (интрон 7), в которой у исследуемого сорта выявлена гетерозигота (T/C), а сорт Султанина имеет гомозиготу (T/T). В данном исследовании на основе генотипа бессемянного сорта Кишмиш черный был подтвержден вывод Royo C. с соавт. (2018) о наличии SNP в позиции chr18: 26 889 437 у всех бессемянных сортов, который является предполагаемой причиной возникновения бессемянности винограда.