Архив / 2023 / Том 25, № 3 (2023) - “Магарач”. Виноградарство и виноделие
Первичная сборка и филогенетический анализ пластомов Vitis sylvestris Gmel. Майкопской популяции
Том 25, № 3 (2023)
Савенкова Дарья Сергеевна ORCID, Елисютикова Анастасия Васильевна ORCID, Милованов Александр Валериевич ORCID, Хачумов Владимир Артурович ORCID, Астапчук Ирина Леонидовна ORCID, Трошин Леонид Петрович ORCID
- Савенкова Дарья Сергеевна - Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина
- Елисютикова Анастасия Васильевна - Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина
- Милованов Александр Валериевич - Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина
- Хачумов Владимир Артурович - Академия биологии и биотехнологии имени Д.И. Ивановского, Южный федеральный университет
- Астапчук Ирина Леонидовна - Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина
- Трошин Леонид Петрович - Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина
Primary assembly and phylogenetic analysis of Vitis sylvestris Gmel. chloroplast genomes from the Maykop population
Аннотация
Получение знаний о строении генома винограда является актуальным вопросом современной ампелографии,
так как позволяет изучить внутривидовое генетическое разнообразие и эволюцию видов Vitis. Целью исследования является изучение особенностей строения хлоропластных геномов 6 образцов Майкопской популяции дикого лесного винограда Vitis sylvestris Gmel., собранных в результате экспедиционных обследований окрестностей г. Майкопа Республики Адыгея. Для этого были выделены хлоропласты из отобранных образцов листьев на базе Академии биологии и биотехнологии им. Д.И. Ивановского Южного федерального университета. Из образцов хлоропластов выделили тотальную ДНК. Были подготовлены библиотеки ДНК при помощи DNA Preparation (M) Tagmentation Kit. Секвенирование осуществляли на базе
Кубанского государственного аграрного университета им. И.Т. Трубилина на приборе Illumina MiSeq. Сборку геномов проводили при помощи UGENE, аннотацию – при помощи веб-сервиса Chlorobox. Идентифицировали таксономическую принадлежность хлоропластных геномов при помощи NCBI BLAST. В результате работы, изученные образцы были отнесены к дикорастущему виду Vitis vinifera subsp. sylvestris. Были построены карты строения хлоропластного генома изученных образцов. Самое большое совпадение (100 % по покрытию и идентичности) с референсным геномом Vitis vinifera subsp. sylvestris INRA:8500Mtp140 (номер GenBank LC501387.1) наблюдалось у образца М6, а наименьшее – у образца М5 (99 % и 99,95 %). Это дает возможность отнести изученные образцы к виду Vitis vinifera subsp. sylvestris.
Abstract
Gaining knowledge about the structure of grape genome is a topical issue of modern ampelography, as it allows
studying the intraspecific genetic diversity and evolution of Vitis species. The aim of the research is to study structural features of chloroplast genomes of 6 samples from the Maikop population of wild forest grapevines Vitis sylvestris Gmel., collected during expeditionary surveys in the Republic of Adygea. For this purpose, chloroplasts from leaf samples were isolated on the basis of the Academy of Biology and Biotechnology named aſter D.I. Ivanovskiy of the Southern Federal University. Total DNA was isolated from chloroplast samples. Genomic libraries were prepared using DNA Preparation (M) Tagmentation Kit. Sequencing was carried out on the basis of the Kuban State Agrarian University named aſter I.T. Trubilin using the scientific instrument Illumina MiSeq. Genomes were assembled using UGENE, and annotated using Chlorobox web service. The taxonomic affiliation of chloroplast genomes was identified using NCBI BLAST. As a work result, the studied samples were assigned to the wild-growing species Vitis vinifera subsp. sylvestris. Maps of structure of the chloroplast genome of studied samples were constructed. The highest coincidence (100 % in coverage and identity) with the reference genome of Vitis vinifera subsp. sylvestris - INRA:8500Mtp140 (GenBank number LC501387.1) was observed in the sample M6, and the lowest was observed in the sample M5 (99 % and 99.95 %). This offers an opportunity to relate these samples to genus Vitis vinifera subsp. sylvestris.
Как цитировать
Савенкова Дарья Сергеевна; Елисютикова Анастасия Васильевна; Милованов Александр Валериевич; Хачумов Владимир Артурович; Астапчук Ирина Леонидовна; Трошин Леонид Петрович Первичная сборка и филогенетический анализ пластомов Vitis sylvestris Gmel. Майкопской популяции // Магарач. Виноградарство и виноделие. 2023. Т. 25. № 3. С. 232-238. DOI: 10.34919/IM.2023.25.3.002.